மிளகாய் சாப்பிடுவதால் ஏற்படும் பிரச்சனைகள் மிளகாய் ஆனது அதிகமாக காரத்தன்மை மிக்கது எனவே அதனை சாப்பாட்டில் மிகவும் இதமான வரைதான் பயன்படுத்த வேண்டும் அதிகமாக சாப்பிட்டால் பல பிரச்சனைகளுக்கு ஆளாக நேரிடும். அவை, 1. ஆசனக்கடுப்பு 2. சிறுநீர் போக்கில் எரிச்சல் 3. வயிற்றில் புண் 4. மூலம் சார்ந்த நோய் உள்ளவர்கள் கண்டிப்பாக மிளகாயை பயன்படுத்தவே கூடாது. மருத்துவ பயன்கள் 1. ஜலதோஷத்தால் அவதிப்படுபவர்களுக்கு மிளகாயானது நல்ல நிவாரணியாக செயல்படும் அஜீரண கோளாறு உள்ளவர்கள் மிளகாய் சாப்பிட்டால் அஜீரணத்தில் இருந்து விடுபடலாம். 2. இரைப்பையை வலுப்படுத்தவும் தன்மையானது மிளகாய்க்கு உண்டு உடலுக்கு இதம் தரும் ஆனால் விதமான அளவை மட்டுமே பயன்படுத்த வேண்டும் என்பதை மறக்கக்கூடாது அளவுக்கு மீறி பயன்படுத்தினால் உடலில் புண்கள் உண்டு செய்யும்.